一直以来守护着地球安全的迷你特工队，面临着一个神秘又强大的对手“像素霸主”，像素霸主妄图把人类世界像素化称霸地球，并派出强力下属“天线博士”出马，让他利用怪人娃娃机召唤出各种游戏属性的怪人，在蓝玲市兴风作浪。为了获得可以与像素霸主对抗的超次元力量，司令官为迷你特工队开发了更强力的科技武器和机甲，同时让他们去寻找正义勇敢、机灵聪慧的小朋友“小凯”，作为作战伙伴，开启共同守护正义的新征程！